Esta mensagem está aparecendo quando você esta tentando gerar um CT-e pelo modulo armazém? Segue abaixo o que deve ser feito.
É muito fácil resolver esta situação, uma ou mais notas que estão nesta carga estão com a modalidade de frete diferente do restante, para verificar será preciso acessar o menu Armazém/Mercadorias/ Mercadorias.

Você poderá usar os filtros que a tela disponibiliza para pesquisar as notas fiscais que estão no sistema.
Para conferir a modalidade de frete que a NF-e possui é simples,selecione o registro e clique em Editar, que uma nova tela irá abrir trazendo todas as informações da nota.

O campo sublinhado acima mostrará a informação da modalidade do frete. Ajuste o mesmo, conforme necessário e depois clique em Gravar. Em seguida você conseguirá dar andamento a geração do CT-e.
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